某单位在该市城北区有一栋距道路红线5m，且平行于道路走向的六层单身宿舍楼。由于情况变化和经济发展，经单位领导研究决定，并报请有关主管部门同意，拟将该单身宿舍楼改建为对外营业的旅馆使用。为安排旅馆接待大厅的需要，该单位向城北区自然资源主管部门报送了一份新建一层接待大厅的申请。经城北区自然资源主管部门研究，同意该单位的申请方案，并核发了建设工程规划许可证。

该工程在施工期间，市自然资源主管部门的两名执法人员在现场监督检查时发现，该工程正在进行二层的结构施工。经执法人员进一步核查发现，由城北区自然资源主管部门审批的接待大厅建设位置实际已侵入了道路红线3m，并占压了两条现状地下管线。

为此，两名执法人员当即找到了该单位法人和工程施工负责人，在核查事实后，填发了停工通知书，责令该工程立即停工，听候处理。

【问题】：该工程被责令停工的原因是什么？市自然资源主管部门应如何处理本案？