【参考答案】：

分析该工程的建设，其所以受到查处的原因有四点：

（1）按照《城乡规划法》第六十四条和六十五规定，该工程建设没有取得建设用地规划许可证，属于违法用地。

（2）农村耕地属于集体所有的土地，将其改变为建设用地，应当办理农用地转用审批手续，必须由建设单位根据计划部门批准的立项进行征用土地，成为国有土地后，由自然资源主管部门核发建设用地规划许可证后方可使用土地。

（3）该村虽已经还耕，但占用耕地应按《土地管理法》有关规定报请城市人民政府审批，乡政府无权审批。

（4）在城市规划区内进行的一切建设活动，必须经自然资源主管部门审批核发建设工程规划许可证，未经审批就是违法建设。

具体处理措施：根据该工程刚开工，自然资源主管部门责令恢复原有的地形、地貌，并由违法建设单位赔偿所造成的损失。